Le dossier du Procès de Francfort se compose de 456 volumes d’actes écrits et de 103 bandes magnétiques au total. Sur les 456 volumes d’actes de procédure, 133 concernent le dossier principal, qui documente les recherches, les enquêtes préliminaires, la mise en accusation et le déroulement du procès devant le jury, ainsi que le prononcé du jugement.
On retrouve, au début du dossier principal, les recherches entamées en 1958 par le Parquet de Stuttgart et l’Office central de Ludwigsburg créé juste avant. Lorsque la Cour suprême fédérale institua le tribunal de Francfort comme tribunal central pour les procédures entamées en lien avec Auschwitz suite à l’énergique initiative de Fritz Bauer, les procureurs de Francfort purent élargir l’instruction préparatoire au cours de l’été 1959. Ils auditionnèrent de nombreux témoins et réunirent un grand nombre de documents écrits. Pour la première fois dans l’histoire de la République fédérale, des procureurs allemands passèrent de l’autre côté du « rideau de fer » pour se rendre à Auschwitz, en Pologne, en août 1960 afin d’examiner les lieux de l’extermination.
Après deux années de recherches intensives, le juge d’instruction Dr. Heinz Düx ouvrit l’instruction judiciaire préliminaire en août 1961, en s’appuyant sur les 52 volumes du dossier judiciaire avec les procès-verbaux d’audition d’environ 600 témoins. Le dossier continua de s’étoffer avec les procès-verbaux d’audition d’autres témoins et des prévenus, des éléments de preuve et une nouvelle « visite des lieux » par le juge d’instruction Dr. Heinz Düx. Finalement, l’instruction aboutit, en avril 1963, sur un acte de mise en accusation de 700 pages, réparties en trois volumes, de la Cour d’Assises de Francfort contre Richard Baer, dernier commandant du camp d’Auschwitz I, l’officier SS le plus haut gradé parmi les prévenus, et contre 22 autres SS ainsi que contre le kapo Emil Bednarek. Suite au décès de Richard Baer pendant sa détention préventive le 17 juin 1963, le procès fut mené, selon la loi, contre 22 prévenus sous l’appellation « affaire pénale contre Mulka et al. », selon le nom du SS désormais le plus haut gradé Robert Mulka, adjudant du commandant d’Auschwitz Rudolf Höß en 1942/1943.
Parmi les 20 volumes de procès-verbaux des débats, le plus impressionnant est celui consacré au transport de justice sur le terrain de l’ancien camp de concentration d’Auschwitz, le 14 décembre 1964, avec ses 37 photos de la « visite des lieux ». Le jugement, retranscrit par écrit dans trois volumes de 1275 pages au total, mit un point final à l’audience principale. D’autres éléments de ce vaste dossier de procédure pénale sont, entre autres, les carnets correspondant aux actes d’exécution et aux mesures de grâce, qui sur plus de 29 volumes donnent des renseignements sur l’exécution des sentences pénales pour les accusés. A cela viennent s’ajouter les dossiers complémentaires, les carnets spéciaux et sept volumes de carnets de presse. En 2001, le Parquet de Francfort remit le dossier papier du procès, avec ses 456 volumes, aux Archives nationales de Hesse. Il y est désormais archivé et consultable dans le système de recherche d’archives Arcinsys. Le dossier de procédure peut aussi être exploité de manière classique sous forme de répertoire en téléchargeant le fichier pdf (voir à "Autres informations").