המעבר של פריץ באואר מתפקידו כתובע כללי בבית המשפט המחוזי של בראונשווייג לתפקיד התובע הכללי של מדינת המחוז הֶסֶן סימן את תחילתו של שלב חדש בהעמדתם לדין של פושעים נאצים ברפובליקה הפדראלית של גרמניה.
עם מינויו ב-1956 הצליח גיאורג אוגוסט צין, ראש ממשלת הֶסֶן, להביא לפרנקפורט את אחד התובעים המוכשרים ביותר של הרפובליקה הפדראלית דאז. באואר, שנולד בשטוטגרט ב-1903, למד משפטים וכלכלה באוניברסיטאות של מינכן וטיבינגן. ב-1927 קיבל תואר דוקטור מאוניברסיטת היידלברג והחל את דרכו המקצועית כשופט. ב-1930 מונה לתפקידו בבית המשפט המקומי בשטוטגרט ובכך היה לשופט הצעיר ביותר בערכאה זו ברייך הגרמני בתקופת הרפובליקה של ויימאר. פריץ באואר גם היה פעיל מבחינה פוליטית. הוא היה חבר במפלגה הסוציאל-דמוקרטית של גרמניה, שימש כיו"ר הסניף המקומי של איגוד הדמוקרטים הפעילים 'שחור-אדום-זהב' בשטוטגרט והיה ממייסדיו של איגוד השופטים הרפובליקני. לאחר תפיסת השלטון בידי הנאצים, פוטר ממשרתו באפריל 1933, נעצר והוחזק כמה חודשים במחנה הריכוז הויברג. ב-1936 היגר באואר לדנמרק וב-1943 הצליח להימלט ברגע האחרון מגירוש, בעקבות מעברו לשוודיה השכנה.